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智能控制系统是机场驱鸟系统的核心，按照机场驱鸟系统的任务要求，系统业务流程主要包括鸟情态势感知业务流程、决策预案业务流程、指挥联动业务流程、效果评估业务流程，形成了感知—判断—执行—评估的闭环。
系统操控探鸟雷达进行鸟类活动信息搜索时，内部预置三个区域信息，分别是预警区、识别区、驱离区，预警区内发现后系统控制雷达设备保持跟踪，若目标飞行至识别区内部，系统将根据探测雷达设备给出的方位角、高度角、飞行速度等目标信息进行坐标转换，通过坐标转换算法得到相对光电设备的目标绝对位置，发送指令引导光电设备去跟踪并识别目标；若目标飞行至驱离区内部，系统则根据光电设备跟踪到的方位角度生成激光设备、强声设备及机场其它驱鸟设备的控制指令，当进入设备有效作用范围内的时候会发送相关控制指令控制设备进行驱离行动。
系统除了操纵固定式设备的运行外，还具备人员等的力量布控能力。对于固定设备作用距离外的目标，系统可以发送命令给手持设备人员，人员根据给出的模糊位置进行人工搜索发现目标后，通过手持设备进行手动驱离。同时，系统支持向空管系统发出威胁鸟情通告信息，接口协议兼容空管现有系统数据传输协议，能够提供多层警告的服务，第三方系统能够根据告警等级进行自主应激反应。
态势感知：态势感知模块可以对机场进行实时全景监控，发现鸟情时实时渲染到感知界面。包含全景监控、鸟情预警通知面板、任务显示、雷达监控、光电监控等子模块。
决策预案：决策预案模块主要功能是接收经预处理后的鸟情数据，分析汇总并与现有方案进行比对，最终确定发布处置驱离行动方案。决策预案整体实现思路以下发任务的方式实现，任务类型分为日常任务和单次任务。打击区域由系统内置配置共分为16个打击区域，主要以强声设备的覆盖范围为划分依据。
智慧联动：指挥联动模块主要功能是接收任务方案，按照约定的指令下发任务，实现对人员和装备的指挥控制。
效果评估：效果评估模块主要功能是从威胁预警预测、任务、设备、系统四方面分析评估，为指挥决策提供参考。 效果评估定义为对当天感知威胁数和打击效果的评估。
系统管理：系统管理模块主要功能是对用户信息、用户权限、系统日志、鸟情知识、普查情况等进行有效的管理，对系统数据库进行定期备份。
器材管理：器材管理模块能够对接入系统的所有设备进行管理，能够新增设备、修改已经存在的设备信息、接入现有设备、修改接入协议等，针对不同设备设计不同的添加页面和参数配置页面，同时可发送相关控制指令，显示设备当前的状态。
值班管理：值班管理模块能够对人员日常信息进行排班，用于满足鸟击日常防范任务工作需求，能够对人员的值班信息、交班信息、日志信息进行统一管理，方便管理人员查看当前人员安排情况及工作任务安排。值班信息查看能够对人员值班情况进行管理，按照月度、周、日进行查看，方便管理员查看人员值班信息。
数据分析：数据分析模块主要是对历史鸟情分析、历史鸟击分析、驱离记录分析，提供辅助决策。
